博物馆整体规划面积约2100亩，其中生态园区占地400亩，古文化园区占地约800亩，乡村休闲园区占地约900亩。博物馆以保护水源、保护母亲河、展示黄浦江历史文化和马桥古文化为主题，以文化展示、生态示范、休闲旅游、科普教育为主要功能的大型生态园区。

博物院由古生态园区、古文化园区和农业观光乐园组成。古生态园区以河道、古塔、古树、景观石、仿古建筑为主要构件，以古朴、自然、野趣为格调，园内有半年以上的古树800余棵，有移建的古桥25余座。园内还有水生物科普馆以及古桥科普馆两个科普项目。古文化园区集中发掘和展示了黄浦江文化、马桥文化及马桥历史文化名人。建有马桥古文化遗址仿真馆、董其昌画院等。农业观光乐园以现代农业观光、黄浦江岸农家生活及乡土文化展示、农家休闲娱乐为主要功能，设农业生态展示区、江岸村落展示区、水生经济作物园区、果树种植区、垂钓区、购物休闲街、农家度假村、农业科技展示馆等八大项目。

当你走进已基本完成构架的古生态园区，你随处见到成片成片的古树，或苍天高耸，或老态龙钟，或残枝落发，银杏、香樟、紫微、木瓜、银桂、对节白蜡、瓜子黄杨，各领风骚，相得益彰，构成了一副苍劲、幽深而又充满活力和诗意的古生态画卷。

与古树相伴的是形象生动、形态各异、取自不同领域、重达几十吨的巨石：太湖石、三江红、钟乳石、火山石。有的如群峰巍然、有的似仙女展读有的象如来打坐、有的如大鸟展翅，有的更像远航的风帆，给人以鬼斧神工之叹。